Shkodër představuje významné historické a kulturní centrum severozápadní části Albánie, situované v blízkosti hranice s Černou Horou. Město se nachází při jihovýchodním okraji Skadarského jezera, v místě, kde z jezera odtéká řeka Buna směrem k Jaderskému moři. Urbanistická struktura i krajinný rámec města jsou výrazně ovlivněny okolním horským reliéfem, přičemž dominantním prvkem panoramatu je pevnost Rozafa, situovaná nad soutokem řek Buna a Kir.
Řeka Kir, jejíž koryto je v některých úsecích, zejména v blízkosti města, částečně vyschlé či s výrazně kolísavým průtokem, pramení v horských oblastech severní Albánie. V horním a středním toku má charakter typického horského vodního toku s výrazným spádem a úzkým korytem. V dolní části toku, při přiblížení k Shkodëru, dochází k rozšíření koryta a celkovému zklidnění proudění, což souvisí s přechodem do nížinného prostředí a blízkostí ústí do řeky Buna.
Město bylo napojeno na železniční síť relativně pozdě, a to v letech 1981–1982 vybudováním 34 km dlouhého úseku tratě mezi městy Lezhë a Shkodër. Na této trati se nacházely mimo jiné stanice Baqel a Mjedë. Součástí stavby bylo rovněž nákladní nádraží vybudované v souvislosti s průmyslovým areálem zaměřeným na výrobu elektrických vodičů a kabelů, uvedeným do provozu v roce 1969. Toto kolejiště bylo situováno přibližně 700 metrů od hlavní stanice Shkodër a sloužilo primárně pro potřeby průmyslové výroby.
Snímek z 6. května 2024 zachycuje zvláštní osobní vlak číslo 2 [Shkodër–Mjedë], sestavený ze všech provozuschopných osobních vozů, které jsou od roku 2019 k dispozici na izolovaném úseku železniční sítě. V čele soupravy byla lokomotiva T669.1044, zatímco na opačném konci vlaku se nacházela lokomotiva T669.1048.