Na konci roku 1985 byly do LD Přerov dodávány lokomotivy ES 499.1 v rámci druhé výrobní série. Dodávky druhosériových lokomotiv do Přerova začaly strojem ES 499.1013 a uzavřelo je dodání lokomotivy ES 499.1036. Posledně jmenovaná lokomotiva byla 11. července 2008 zachycena nedaleko stanice Bzenec přívoz, kudy právě projížděla s vlakem Pn 1.nsl 48016.